DIE CHARITÉ - UNIVERSITÄTSMEDIZIN BERLIN Die Charité - Universitätsmedizin Berlin ist eine gemeinsame Einrichtung der Freien Universität Berlin und der Humboldt-Universität zu Berlin. Sie hat als eines der größten Universitätsklinika Europas mit bedeutender Geschichte eine führende Rolle in Forschung, Lehre und Krankenversorgung inne. Aber auch als modernes Unternehmen mit Zertifizierungen im medizinischen, klinischen und im Management-Bereich tritt die Charité hervor. Software & Data-Engineer klinische Onkologie (d/w/m) Institut für Pathologie Campus Charité Mitte Kennziffer: 3310 Beginn: Zum nächstmöglichen Zeitpunkt Arbeitszeit: Vollzeit (39 Std./Wo.) Dauer der Anstellung: Befristet Arbeiten an der Charité Die Charité wurde erneut zum besten Krankenhaus Deutschlands gewählt, weil unsere Mitarbeitenden jeden Tag einen hervorragenden Job machen - sowohl in der Krankenversorgung als auch in der Forschung, Lehre und Verwaltung. Patientinnen und Patienten aus aller Welt vertrauen auf die Expertise unseres Kollegiums sowie auf modernste Diagnostik und Behandlungsmethoden. Weil Sie den Unterschied machen Sind Sie daran interessiert, die Bereiche modernster Forschung und klinischer Praxis interdisziplinär zu verbinden? Mehrere Institute an der Spitze medizinischer Innovationen der Charité und des Berliner Institutes für Gesundheitsforschung suchen eine dynamische Person, um sich ihren kooperativen Bemühungen als Software / Data-Engineer anzuschließen. Die Institute für Pathologie und Medizinische Genetik an der Charité, die Core Unit Bioinformatik am BIH und das Charité Comprehensive Cancer Center wollen gemeinsam die personalisierte Medizin im Rahmen des Modellvorhabens für Ganzgenomsequenzierung in die klinische Routine bringen. Das Modellvorhaben stellt eine wegweisende Initiative in Deutschland dar, die sich auf die Nutzung der Genomsequenzierung zur umfassenden Diagnose und Identifizierung therapeutischer Interventionen bei seltenen und onkologischen Erkrankungen in der Routineversorgung konzentriert. Entwicklung, Wartung und Betrieb von Systemen für die Extraktion, Transformation und Integration klinischer und genomischer Daten für die molekulare Diagnostik Realisierung und Automation von Datenflüssen zwischen den vorhandenen und neuen entstehenden Systemen und Prozessen zur Datenerfassung, -verwaltung, -erzeugung und -verarbeitung Definition von Data-QC Kriterien und Realisierung von effektiven Methoden zu deren Überwachung Sicherstellung der konformen Datenablieferung bei den nationalen Netzwerkknoten des Modellvorhabens Mitarbeit bei der Virtualisierung und Containerisierung von Systemen sowie beim Monitoring von Services und Datenflüssen, Durchführen von Ursachenanalysen und Beheben von Problemen Mitarbeit bei der Entwicklung von Metadatenmodellen, Datenschutzkonzepten und Unterstützung der Akkreditierungsprozesse für die Diagnostik Mitarbeit bei der Analyse neuer Anforderungen und Planung der Weiterentwicklung der Datenflüsse und -infrastruktur Sie werden am Institut für Pathologie arbeiten und mit Kollegen der Core Unit Bioinformatik und den anderen Instituten eng zusammenarbeiten. Master-Abschluss in Informatik, Bio- oder Medizininformatik oder vergleichbare Qualifikation, idealerweise mit einigen Jahren Berufserfahrung oder Promotion im biomedizinischen Bereich Software Engineering Mindset und nachgewiesene exzellente Kenntnisse in der Softwareentwicklung, idealerweise in Python notwendig Sehr gute Code-Management-Gewohnheiten (Verfassen von Dokumentationen, Testabdeckung und -automation, Versionskontrolle - vorzugsweise Git) werden erwartet Gute Kenntnisse von Datenbanktechnologien notwendig, praktische Erfahrung in der Planung und Realisierung von ETL-Prozessen und biomedizinischen Formaten und Standards (von VCF bis FHIR) von Vorteil Gute Linux Kenntnisse erwartet, Erfahrung mit Virtualisierung (Openstack, Docker), WMS (Snakemake, Nextflow) und HPC (Slurm) ist von Vorteil Verhandlungssichere Kommunikationsfähigkeiten in Deutsch notwendig, gute Englischkenntnisse von Vorteil Team- und zielorientierte, selbstmotivierte Arbeitsweise wird erwartet; praktische Erfahrung in der Arbeit mit interdisziplinären, idealerweise biomedizinischen, Teams ist von Vorteil Eine hoch professionelle Zusammenarbeit in einem motivierten und interdisziplinären Team Eine zukunftsorientierte, abwechslungsreiche und anspruchsvolle Tätigkeit mit hoher Eigenverantwortung und persönlichem Handlungsspielraum Interkulturelle Teamveranstaltungen, gut strukturiertes Onboarding mit netten Kolleginnen und Kollegen Umfangreiche kostenfreie Fort- und Weiterbildungsmöglichkeiten bis hin zum Studium Vergünstigungen bei vielen Angeboten für Beschäftigte für die Bereiche Shopping, Reisen, Sport Durch unsere betriebliche Altersvorsorge sind unsere Mitarbeitenden im Alter zusätzlich abgesichert Die Charité ist seit 2007 zertifiziert als familiengerechte Hochschule und familiengerechtes Unternehmen - Hier finden Sie weitere Informationen Berücksichtigung von Dienstplanwünschen Informationen zur Stelle Entgeltgruppe E13 TVöD VKA-K. Die Eingruppierung erfolgt unter Berücksichtigung der Qualifikation, die jeweilige Erfahrungsstufe errechnet sich aus den geleisteten Berufsjahren. Das Jahresgehalt (brutto) ist für eine Vollzeitstelle ohne Jahressonderzahlung, Zulagen und Zusatzdiensten angegeben. Den Tarifvertrag finden Sie hier Bei uns sind 30 Tage Urlaub Standard Die Bewerbungsfrist endet am: 16.08.2024

Job Nature: Festanstellung

Mitte, Berlin Deutschland

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