Bioinformatician (m/w/d)
Charité - Universitätsmedizin Berlin
DIE CHARITÉ - UNIVERSITÄTSMEDIZIN BERLIN Die Charité - Universitätsmedizin Berlin ist eine gemeinsame Einrichtung der Freien Universität Berlin und der Humboldt-Universität zu Berlin. Sie hat als eines der größten Universitätsklinika Europas mit bedeutender Geschichte eine führende Rolle in Forschung, Lehre und Krankenversorgung inne. Aber auch als modernes Unternehmen mit Zertifizierungen im medizinischen, klinischen und im Management-Bereich tritt die Charité hervor. Bioinformatikerin / Bioinformatiker klinische Onkologie (d/w/m) Institut für Pathologie Campus Charité Mitte Kennziffer: 3309 Beginn: Zum nächstmöglichen Zeitpunkt Arbeitszeit: Vollzeit (39 Std./Wo.) Dauer der Anstellung: Befristet Arbeiten an der Charité Die Charité wurde erneut zum besten Krankenhaus Deutschlands gewählt, weil unsere Mitarbeitenden jeden Tag einen hervorragenden Job machen - sowohl in der Krankenversorgung als auch in der Forschung, Lehre und Verwaltung. Patientinnen und Patienten aus aller Welt vertrauen auf die Expertise unseres Kollegiums sowie auf modernste Diagnostik und Behandlungsmethoden. Weil Sie den Unterschied machen Sind Sie daran interessiert, die Bereiche modernster Forschung und klinischer Praxis interdisziplinär zu verbinden? Mehrere Institute an der Spitze medizinischer Innovationen der Charité und des Berliner Institutes für Gesundheitsforschung suchen eine dynamische Person, um sich ihren kooperativen Bemühungen als Bioinformatikerin / Bioinformatiker anzuschließen. Die Institute für Pathologie und Medizinische Genetik an der Charité, die Core Unit Bioinformatik am BIH und das Charité Comprehensive Cancer Center wollen gemeinsam die personalisierte Medizin im Rahmen des Modellvorhabens für Ganzgenomsequenzierung in die klinische Routine bringen. Das Modellvorhaben stellt eine wegweisende Initiative in Deutschland dar, die sich auf die Nutzung der Genomsequenzierung zur umfassenden Diagnose und Identifizierung therapeutischer Interventionen bei seltenen und onkologischen Erkrankungen in der Routineversorgung konzentriert. Analyse von NGS-Daten für die klinische Routine, mit Schwerpunkt WES / WGS-Diagnostik und komplexe Biomarker für die Präzisionsonkologie Bereitstellung, Anwendung und Weiterentwicklung von Workflows für Daten-QC, Alignment, Varianten-Analyse und -Annotation sowie Berichtserstellung Definition von Qualitätsmetriken und -sicherungsprozessen gemäß den Anforderungen der molekularen Diagnostik und des Modellvorhabens, Implementierung effektiver QC-Maßnahmen, Fehlerbehebung, aktive Beteiligung an Ursachenanalyse und Prozessverbesserung Mitarbeit bei der Integration von genomischen und klinischen Daten, bioinformatische Unterstützung der molekularen Tumorkonferenz Mitarbeit bei Ringversuchen und der diagnostischen Akkreditierung der NGS-Analysen Entwicklung von innovativen Methoden zur Datenanalyse, insbesondere um komplexe Biomarker für die Präzisionsonkologie zu definieren Sie werden am Institut für Pathologie und mit Kollegen der Core Unit Bioinformatik und den anderen Instituten eng zusammenarbeiten. Master-Abschluss in Bioinformatik, Computational Biology oder einer verwandten Disziplin, idealerweise einige Jahre Berufserfahrung in der NGS-Datenanalyse, relevante Promotion ist von Vorteil Tiefgreifendes Verständnis der Methoden zur Sequenzdatenverarbeitung und -analyse sowie die Nutzung öffentlicher Datenressourcen und Open-Source-Tools erforderlich, Erfahrung mit der Illumina DRAGEN Bio-IT Plattform und / oder ParaBricks von Vorteil Nachgewiesene Erfahrung in reproduzierbarer Datenanalyse notwendig; gutes Verständnis von Workflow- und Toolmanagement (z. B. Snakemake, Nextflow), Validierung, Qualitätskontrolle sowie Datenmanagement erforderlich Solide Erfahrung der genomischen Datenverarbeitung im Bereich der Onkologie erwünscht, gutes Verständnis komplexer Biomarker und RNA-Seq-Daten ist von Vorteil Sehr gute Programmierkenntnisse erforderlich, Kenntnisse in Python, R und Bash erwünscht; nachgewiesene Fähigkeit zur Erstellung sauberen und gut dokumentierten Quellcodes notwendig; Erfahrung mit Git erwünscht Erfahrung mit Parallelisierung auf HPC (slurm) erwünscht Verhandlungssichere Kommunikationsfähigkeiten in Deutsch erforderlich, gute Englischkenntnisse von Vorteil Team- und zielorientierte, selbstmotivierte Arbeitsweise erwartet; praktische Erfahrung in der Arbeit mit interdisziplinären, idealerweise biomedizinischen, Teams ist von Vorteil Eine hoch professionelle Zusammenarbeit in einem motivierten und interdisziplinären Team Eine zukunftsorientierte, abwechslungsreiche und anspruchsvolle Tätigkeit mit hoher Eigenverantwortung und persönlichem Handlungsspielraum Interkulturelle Teamveranstaltungen, gut strukturiertes Onboarding mit netten Kolleginnen und Kollegen Umfangreiche kostenfreie Fort- und Weiterbildungsmöglichkeiten bis hin zum Studium Vergünstigungen bei vielen Angeboten für Beschäftigte für die Bereiche Shopping, Reisen, Sport Durch unsere betriebliche Altersvorsorge sind unsere Mitarbeitenden im Alter zusätzlich abgesichert Die Charité ist seit 2007 zertifiziert als familiengerechte Hochschule und familiengerechtes Unternehmen - Hier finden Sie weitere Informationen Berücksichtigung von Dienstplanwünschen Informationen zur Stelle Entgeltgruppe E13 TVöD VKA-K. Die Eingruppierung erfolgt unter Berücksichtigung der Qualifikation, die jeweilige Erfahrungsstufe errechnet sich aus den geleisteten Berufsjahren. Das Jahresgehalt (brutto) ist für eine Vollzeitstelle ohne Jahressonderzahlung, Zulagen und Zusatzdiensten angegeben. Den Tarifvertrag finden Sie hier Bei uns sind 30 Tage Urlaub Standard Die Bewerbungsfrist endet am: 16.08.2024
Job Nature: Festanstellung
Mitte, Berlin Deutschland
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